子公司与分公司都是现代大公司企业经营组织的重要形式，二者都具有经营资格，都具有自己的办公场所。但是，二者有着本质的区别。
1、二者的法律地位不同：
子公司具有独立的主体资格，享有独立的法人地位。分公司则不具有独立的民事和商事主体资格，不具有法人资格。子公司是独立的法人，拥有自己独立的名称、章程和组织机构，对外以自己的名义进行活动，在经营过程中发生的债权债务由自己独立承担。分公司则不具备企业法人资格，没有独立的名称，其名称应冠以总公司的名称，由总公司依法设立，只是公司的一个分支机构。因此，子公司作为独立的法人，在法律上其意志是独立的，母公司对子公司的经营管理活动不能进行直接的命令指挥。分公司作为本公司的分支机构，其业务的执行、资金的调动完全受制于本公司。
2、二者的经营范围不同：
分公司经营范围不得超出母公司的经营范围，子公司可以自行选择经营范围，一般无限制。
3、二者设立的程序不同：
分公司的设立程序与一般意义上的公司设立程序不同，设立分公司只需办理简单的登记和开业手续。而子公司需要按照正常规定进行申请和设立。子公司由公司股东按照《公司法》的规定设立，应当符合《公司法》对公司设立条件和投资方式的要求。分公司由总公司在其住所地之外向当地工商机关申请设立，属于设立公司分支机构。
4、二者的名称称谓不同：
分公司不具有独立的名称，子公司有自己独立的名称。分公司名称需要加母公司的名称；子公司可以自行起名称，不需要加母公司的名称。分公司其名称中虽有公司字样，但不是真正意义上的公司。而子公司与一般的公司无异，母公司持有分公司的股份，更多的联系还是存在于利益方面。
5、与总/母公司的控制关系不同：
母公司对子公司的控制必须符合一定的法律条件。母公司对子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用间接控制方式，即通过任免子公司董事会成员和投资决策来影响子公司的生产经营决策。而分公司则不同，其人事、业务、财产受总公司直接控制，在总公司的经营范围内从事经营活动。
6、二者承担债务责任的方式不同：
分公司不具有企业法人资格，不能独立地对外承担民事责任，其民事责任由成立分公司的公司承担。子公司具有独立的企业法人资格，可以依法独立地对外承担民事责任，母公司对子公司的债务不承担责任。母公司作为子公司的最大股东，仅以其对子公司的出资额为限对子公司在经营活动中的债务承担责任；子公司作为独立的法人，以子公司自身的全部财产为限对其经营负债承担责任。分公司由于没有自己独立的财产，与总公司在经济上统一核算，因此其经营活动中的负债由总公司负责清偿，即由总公司以其全部资产为限对分公司在经营中的债务承担责任。
7、二者的财产关系不同：
在财产关系结构上，子公司虽然有母公司的参与，但仍有属于自己的财产。分公司的财产则全属于本公司，是本公司财产不可分割的组成部分。分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表。而子公司的财产是独立的，与总公司财产无关。另外，分公司与总公司之间的资本转移，因不涉及所有权变动，不必负担税收。
8、领取的营业执照不同：
子公司领取的是企业法人营业执照，有法定代表人姓名字样。分公司领取的是营业执照，有负责人字样。
9、产品包装标注不同：
子公司在产品外包装上必须标注自己的名称和住所。分公司可以标注自己的名称、住所，也可以同时标注总公司的名称、住所，还可以只标注总公司的名称、住所。
10、二者的税收关系不同：
设立分公司还是通过控股形式组建子公司，在纳税规定上就有很大不同。由于分公司不是一个独立法人，它实现的盈亏要同总公司合并计算纳税，而子公司是一个独立法人，母、子公司应分别纳税，而且子公司只有在税后利润中才能按股东占有的股权进行股利分配。子公司和分公司的税收利益存在着较大差异，总体上看两种组织形式最重要的区别在于：子公司是独立的法人实体，在设立国被视为居民纳税人，通常要承担与该国其它公司一样的全面纳税义务。分公司不是独立的法人实体，在设立分公司的所在国被视为非居民纳税人，只承担有限的纳税义务。分公司发生的利润与亏损要与总公司合并计算，即“合并报表”。我国税法也规定，公司的下属分支机构缴纳所得都有两种形式：一是独立申报纳税；一是合并到总公司汇总纳税。而采用哪种形式缴税则取决于公司下属分支机构的性质--是否为企业所得税独立的纳税义务人。需要指出的是，境外分公司与总公司利润合并计算，所影响的是居住国的税收负担，至于作为分公司所在的东道国，往往照样要对归属于分公司本身的收入课税，这就是实行所谓收入来源税收管辖权。而设立在境内分公司则不存在这个问题，对这一点企业在税筹划时应加以关注。
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